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網羅的にPathway、PPI等の生物学的ネットワークデータベースを収集したリンク集。形式ごとにカテゴライズされている上、各データベースで扱っているフォーマットも表示されていて便利。
手前味噌で申し訳ないが、これらのデータベースからローカルに取りこんだPSI-MI, BioPAX, タブ区切りのテーブルといった形式のデータは、Cytoscape等を使って可視化できる。
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手前味噌で申し訳ないが、これらのデータベースからローカルに取りこんだPSI-MI, BioPAX, タブ区切りのテーブルといった形式のデータは、Cytoscape等を使って可視化できる。
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コメント
これはすごいな。世界はひろい。いまさらながらですが、ネット上にはすごい量のリソースがありますね。手前味噌歓迎です。
> 手前味噌歓迎です。
ありがとうございます。
実は、このPathguideなどを作っているMemorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC)と我々(Cytoscapeコンソーシアム)は共同作業をしておりまして、こういった膨大なリソースを、Cytoscapeからシームレスに扱えるように色々作業中です。
一例としてはこちら： http://www.pathwaycommons.org/pc/
まさにprofessionalの技ですね。マップはちょっと複雑で、スクロールを思うようにやるには慣れがいりそうです。ぼくのやっているkinaseがからむpathwayが一つだけでてきましたが、どういう基準で選んだんだろう。